発酵食品といえばチーズやヨーグルトなどがありますが、日本で家庭で食べられてきた発酵食品には納豆、醤油、みそ、酢、酒以外にも以下等があります（以下は作り方の概要例になり、以下以外の作り方もあります）。

■漬物

すんき漬け：赤かぶの葉を乳酸発酵させた漬物。塩を使わずに湯通しした葉を使用します。

すぐき漬け：すぐき菜と塩だけで乳酸発酵させた漬物。

ぬか漬け：米ぬかに塩を加えて練り、野菜くずを漬け込み乳酸発酵を促しながらできあがった床に野菜などを漬け込みます。

野沢菜漬け：アブラナ科アブラナ属の野沢菜の漬物で、乳酸発酵食品になります。広島菜漬け、高菜漬けよりも食物繊維の量が少なめでやわらかさがあります。

広島菜漬け：アブラナ科の葉物野菜の漬物で、乳酸発酵食品になります。

高菜漬け：広島菜漬と同様に、袋詰めして出荷時に冷凍された新高菜漬もありますが、乳酸が0.5％程にもなる古高菜漬もあります。

ぺそら漬け：唐辛子が効いた漬け変えを繰り返し脱色したなすの漬物で、乳酸発酵食品になります。

三五八漬：塩：米糀：米を3：5：8で漬床をつくり、野菜、魚介類、肉類などを漬け込みます。

金婚漬：現在では味噌漬けが主流になり白瓜（シロウリ）の種をくり抜き、昆布で巻いたゴボウ、ニンジンを詰めて、味噌床に漬け、味噌による発酵を促します。

ほかにさつま漬などもあります。

漬物においては乳酸発酵の発酵漬物、調味液に浸した調味漬などがあります。
発酵漬物によって微生物は異なり、微生物の消長は漬ける野菜の種類、発酵温度、食塩濃度、重石、密閉度等によっても影響され、乳酸発酵により乳酸、アルコール、バクテリオシン（抗菌性ペプチド）、ビタミン等が生成されます。
乳酸菌発酵による乳酸などの生成物によりpHが低下することで腐敗細菌を抑制し、またバクテリオシン等のはたらきにより雑菌の発育を抑制します。
市販の発酵漬物においては、乳酸発酵を経たものでも発酵を止めて調味液（pH調整、保存料を含む場合があります）に浸したり、加熱等の処理が施されているものもあります。
調味液の食塩濃度は高すぎても乳酸菌の活動が停滞しますが、食塩濃度が低すぎたり望ましいpHや温度等でない場合、腐敗、変敗がおこりやすくなります。乳酸菌による発酵においては、ホモ型発酵とヘテロ型発酵がありますが、ヘテロ型発酵により袋・容器膨張、アルコール臭、異臭、変色、酸敗、粘質化といった腐敗変敗が起きることがあります。また一部の乳酸菌によるヘテロ型発酵以外にも乳酸発酵が不十分な浅漬けや雑菌繁殖した漬物であることでの腐敗変敗の場合もありますので、ご留意ください。

■豆加工品

浜納豆：蒸した大豆に麹、塩、山椒、生姜などを加えて発酵、半年～1年熟成させてつくられるます。

豆腐よう：島豆腐に米麹、紅麹、泡盛を加え発酵・熟成させたもの。

金山寺麹：米、大豆、大麦に麹菌をつけて発酵させたもの。金山寺みそ

■調味料・香辛料

いしる、いかなご醤油、しょっつる：日本の魚醤。

かんずり：とうがらし、糀、柚子、食塩を混ぜて発酵させたもの。

■魚加工品

枯節、本枯節：カツオを茹でて焙煎乾燥した荒節の表面についた焙煎のタールを削り落とした裸節にカビ付けし熟成したもの。
削り節の種類
https://www.kumitasu.com/contents/hyoji/1330

くさや：微生物を含むくさや液に漬け込み乾燥させたもの。

へしこ：魚を糠漬けにしたもの。

めふん：鮭の腎臓を塩漬けにし熟成させたもの。

このわた：なまこの腸を塩漬けにし熟成させたもの。

酒盗：かつおやまぐろの胃と腸を塩漬けにし熟成させたもの。

からすみ：ボラの卵巣を塩漬け、水漬けにし塩抜きし乾燥させ熟成させたもの。

■なれずし

フナ、鮎、さんま、ごはん、塩と一緒に漬けこみ乳酸発酵を促したもので、ほかにもハタハタずし、ちんまずし、鮎のくされ鮨、ヤマメの押しずし等があります。
～鮒ずし：塩漬けにしたニゴロブナをごはんに漬けて発酵させる本来の鮒ずし（本漬）に、本漬にした鮒ずしのごはんを取りのぞき、さらに酒粕に漬けた甘露漬があります。
～ねずし：塩漬けした後塩・水気を抜いたマスを人肌に冷ましたご飯、麹、大根、にんじんと一緒に発酵させたもので、なれずしの1種になります。
～いずし：魚の切り身、ご飯、野菜に米麹を加え乳酸発酵させたもので、なれずしの1種になります。
～かぶらずし：塩漬けしたかぶにぶりやサバを挟み、ごはん、米麹と漬け込みます。

■茶

富山黒茶：カビ付けによる好気発酵茶

阿波晩茶：バクテリアによる嫌気発酵茶

碁石茶、石槌黒茶：カビ付け好気発酵と嫌気発酵を組み合わせた発酵茶

■その他

黒にんにく：白いにんにくを高温、高湿下で熟成させたもの。