バナナにアレルギー症状がある場合、ラテックス-フルーツ症候群、花粉との交差反応等が考えられています。
現段階で考えられているバナナの主なアレルゲンとしては、
脂質輸送タンパク質（LTP）であるMus a 3、プロフィリンのMus a 1、またMus a 2、Mus a 4、Mus a 5、Mus a 6が挙げられています。脂質輸送タンパク質LTPは熱耐性があり、全身性の症状を誘発し得るタンパク質になり、プロフィリンは交差抗原性に関与すると考えられています。

ラテックスと交差反応を示しやすい食物として、特にバナナ、キウイフルーツ、アボカド、栗が挙げられ、ラテックスに感作、アレルギー症状のある方において症状出現する可能性があり、バナナ、キウイフルーツ、アボカド、栗のうち複数に症状が出現する場合があります。
花粉との交差反応においては、キク科ブタクサ花粉などに感作、アレルギー症状のある方において症状出現する場合があると見られ、バナナにおいてのアレルギー検査では血液検査よりも皮膚プリックテストで陽性となる傾向が見られています。

2007－2013年に受診しバナナアレルギーと診断された83人のうち、診療録から詳細を把握しえた62人（男児46人、女児16人）の背景・症状を後方視的に検討したところ、発症年齢の中央値は12か月、バナナ特異的IgE値2.94UA／ml、63％にアトピー性皮膚炎、21％にアレルギー性鼻炎を合併していた。
バナナ摂取による症状の内訳として、口腔内の粘膜症状のみは16人、粘膜症状以外の即時症状は46人で、症状は皮膚（65％）、消化器（57％）の順に多く、20％にアナフィラキシーを認めており、小児のバナナアレルギーは幼児期以降に粘膜症状のみを認める群と乳幼児期に粘膜以外の症状を呈する群に分かれ、後者ではアナフィラキシーを起こす場合があることが示唆されています。

バナナの摂取後に嘔吐、下痢、下血といった消化器症状が主に出現する場合は、食物蛋白誘発胃腸炎(FPIES)の可能性があります。
バナナによる食物蛋白誘発胃腸炎(FPIES)
https://www.kumitasu.com/contents/hyoji/4043

バナナが使用されることのある食品例は以下をご参照ください。
バナナが使用されることのある食品
https://www.kumitasu.com/contents/hyoji/4474

出典・参考：乳児のバナナ特異IgE抗体感作率とバナナアナフィラキシー
小児のバナナアレルギーのまとめ　ほか

参考：ラテックス製バルーン使用イベントに参加して症状出現～ラテックスアレルギー
https://www.kumitasu.com/contents/hyoji/2003