日本で根部分を食する習慣があるゴボウはキク科の植物で、
ヨモギ、ブタクサ、シュンギク、レタス（サニーレタスなども）、サラダナ、サンチュ、ベビーリーフ、カモミール、タラゴン、フキ、ヤーコン、アーティチョーク、コスモス、ステビア、トレビスなどもキク科に該当します。
ヨモギ花粉は、セリ科のセロリ、ニンジン、ウルシ科のマンゴーなど、ブタクサ花粉はウリ科のメロン、スイカ、ズッキーニ、キュウリ、バショウ科のバナナと交差反応性があるとみられています。

国内でのゴボウアレルギー報告例から

ゴボウの食習慣のある地域は世界的には多くはなく、海外でのアレルギー報告例は限られてくるところですが、ゴボウによるアレルギーにおいては、加熱調理したゴボウにアレルギー反応を示す方の例が見られ、耐熱性のアレルゲンの存在が考えられます。報告のある症状としては全身のじんましん、消化器症状、アナフィラキシーなど全身性の症状例があり、また加熱調理をしない場合などは口腔を中心とした症状出現も考えられます。

他の食物との関連として、マンゴーにアレルギーのある方で皮膚プリックテストで生ゴボウに陽性反応を示し、ヨモギ花粉に特異的IgE抗体反応陽性（クラス4）であった例、モモとメロンのPFAS（花粉関連食物アレルギー症候群）の既往がある方で加熱調理したゴボウに全身症状を呈した例（皮膚プリックテストでは生ゴボウは陰性で加熱ゴボウが陽性）などが見られています。花粉と関連するアレルギーの場合も全身性の症状が出現する場合がありますが、ゴボウと同じキク科植物であるヨモギ花粉、ブタクサ花粉に感作、症状がある方での症状出現、またこれらの花粉と交差反応性のある食物との併発の場合もあります。
加熱調理することの多いゴボウですが、全身性の症状が出現する場合があることにご留意ください。