蜂蜜の主な含有物としては、花の蜜、花粉、蜂の生体内に存在する酵素を含む唾液腺や咽頭腺分泌物、ロウが挙げられ、花粉、蜂の生体内に存在する酵素を含む唾液腺や咽頭腺分泌物は主要なアレルゲンと考えられています。
蜂蜜中の花粉がアレルゲンとなる場合は、ハチが集める蜜の花の種類により、症状が出現しないこともあります。

17歳女性（既往：アレルギー性鼻炎。メロン摂食時に口腔内違和感）の例では、朝食に蜂蜜を塗った食パンを食べたところ、咽頭に強い違和感、呼吸困難感を生じ、後日の精査では皮膚プリックテストで、さくら蜂蜜では膨疹4×5mm、一方、アカシア蜂蜜では膨疹0×0mmとなっています（出典・参照：さくら蜂蜜摂取後に即時型反応をきたした1例）。

海外では以下などでの報告例もあります。
症状が出現した蜂蜜中に含有した花粉：タンポポ（キク科）、マメ科植物
既往：季節性アレルギー性鼻炎
蜂蜜摂食後の症状：顔面浮腫、じんましん、呼吸困難
プリックテスト、特異的IgE抗体反応のいずれか1つでも陽性であった花粉：ブタクサ（キク科）、タンポポ（キク科）

症状が出現した蜂蜜中に含有した花粉：ゴールデンロッド（キク科）、アザミ（キク科）、マメ科植物
既往：アレルギー性鼻炎
蜂蜜摂食後の症状：顔面浮腫、嘔吐、鼻水、手のひらや目のかゆみ、軽度の呼吸困難
プリックテスト、特異的IgE抗体反応のいずれか1つでも陽性であった花粉：キク（キク科）、ゴールデンロッド（キク科）、アスター（キク科）、ブタクサ（キク科）、ヨモギ（キク科）、タンポポ（キク科）

症状が出現した蜂蜜中に含有した花粉：タンポポ（キク科。15％）、ヨモギ（キク科。5％）、ヤナギ（ヤナギ科。15％）
既往：季節性アレルギー性鼻炎、結膜炎
蜂蜜摂食後の症状：全身性蕁麻疹、顔面浮腫、かすれ声、呼吸困難
プリックテスト、特異的IgE抗体反応のいずれか1つでも陽性であった花粉：ヨモギ（キク科）、タンポポ（キク科）、ヤナギ（ヤナギ科）

花粉アレルゲンに感作、花粉がアレルゲンの季節性アレルギー性鼻炎などのアレルギー症状がある場合などは、報告数は多くはありませんが、交差反応性のある植物の花粉を含む蜂蜜にアレルギー症状が出現する場合があります。
アレルゲンでない花粉を含む蜂蜜においては症状出現しないこともありますが、複数種類の花粉を含む場合もありますので採蜜時期とその時期に開花している植物にも意識できると良いかもしれません。

採蜜時期（地域などによっても異なります）
4〜5月ごろ：菜の花、さくら（バラ科）、エゴ、リンゴ（バラ科）、タンポポ（キク科）、ミカン、ノイバラ（バラ科）、レンゲ（マメ科）、ヘアリーベッチ（マメ科）、トチ、柿など
6～8月ごろ：アカシア（マメ科）、クローバー、ひまわり（キク科）、モチノキ、栗、ヤブカラシなど
9～10月ごろ：セイタカアワダチソウ（キク科）、クコ、そば、ネナシカズラなど