おせち料理にも使用されることのあるレンコンですが、レンコンによるアレルギーにおいては、数は少ないものの以下報告例もあります。
15歳女児。レンコンは症状なく摂食できていたが、レンコンの揚げ物を摂食して咽頭掻痒感、腹痛、咳、眼瞼浮腫が出現。ぐったりしたため受診しアドレナリンを筋肉注射された。原因探索をおこなったところ、レンコンによる皮膚プリックテストが陽性、レンコン特異的IgEが8.08UA/ml（クラス3）と陽性で、レンコンによるアナフィラキシーと診断された（出典・参照：西本創 武藤信吾 板垣康治 高見澤勝 さいたま市民市民医療センター小児科 北海道文教大学 レンコンによるアナフィラキシーの症例報告）。

レンコンにおいては、ポリフェノール類（タンニン酸、クロロゲン酸）も含まれ、レンコンを切ったままにしておくと、空気中の酸素により酸化し紫～黒色に変色します。酢水やレモン水に漬け酸素に触れないようにし、酸性に傾けることで酵素（ポリフェノールオキシタ―ゼ）の働きを低下させ変色抑制につながります。また鉄と反応し、タンニン鉄を生成することで、レンコンが紫色～黒色に変色します。包丁や水道水含有の鉄分（水道管・蛇口経由）などが影響する場合もありますが、鉄製以外の鍋やフライパンなどを使用できると良いかもしれません。
ボツリヌス食中毒はビン詰、 缶詰、容器包装詰め食品など酸素の少ない食品で発生しやすくなる面がありますが、過去には真空パック詰のカラシレンコンを原因食品とするボツリヌス食中毒例も見られています。容器が膨張している、開封し異臭を感じた場合は食べないようにしましょう。