アニサキスのアレルゲンとしては、以下などが挙げられています。
Ani s 1　  24 kDa  
Ani s 2   パラミオシン　97 kDa
Ani s 3   トロポミオシン　41 kDa
Ani s 4   システインプロテアーゼ阻害剤　9 kDa   耐熱性アレルゲン
Ani s 5   SXP/RAL-2ファミリータンパク質  15 kDa   耐熱性アレルゲン
Ani s 6   セリンプロテアーゼ阻害剤
Ani s 7   139 kDa
Ani s 8   SXP/RAL-2ファミリータンパク質  15 kDa   耐熱性アレルゲン  
Ani s 9   SXP/RAL-2ファミリータンパク質  14 kDa   耐熱性アレルゲン  
Ani s 10   21 kDa
Ani s 11   27 kDa
Ani s 12   31 kDa
Ani s 13   ヘモグロビン　37 kDa
Ani s 14
上記のうちAni s 4陽性症例はアニサキスIgEが高く、重症化リスクが高いとの報告も見られています。

当院のアニサキスアレルギー患者40 例（男性24名、女性16名）につきアニサキスアレルゲンコンポーネントに対するIgE応答性、アニサキス虫体・分泌物に対する加熱・非加熱におけるIgE応答性，臨床像との関連性を解析した。また、魚介類に関する食生活状況をアンケート調査した。結果、重症アナフィラキシー歴のある患者群ではアニサキスIgEが有意に高値であり、Anis4陽性症例は、アニサキスIgEが高かった。また、加熱前後でアニサキス虫体・分泌物のIgE応答性は有意に低下した。食生活状況は、魚類全除去8名、生魚除去13名、養殖摂取12名、マグロ摂取11名、食事制限なし7名であった。
Anis4に対してIgE応答性がある症例は重症アナフィラキシーのリスクとなる可能性がある。重症アナフィラキシーの既往やAni s 4のコンポーネントを有する患者は魚介類除去の必要性があるが、加熱によりアレルゲンの低減化が望める可能性もあり、患者個々に基いた食事指導が、症状管理および重症化予防に重要であることが示唆された（出典：田村誠朗 嶋倉邦嘉 窪田顕子 小林征洋 東直人　兵庫医科大学医学部糖尿病内分泌・免疫内科 東京海洋大学食品生産科学部門　アニサキス虫体・分泌物に対するIgE応答性と臨床プロファイル）。